জনস্বাস্থ্য প্রকৌশল অধিদপ্তরের পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন ব্যবস্থার উন্নতির জন্য বেশ কিছু ভবিষ্যৎ পরিকল্পনা রয়েছে। যেমন প্রতি ৫০ জনের জন্য একটি পানির উৎস স্থাপন, ভূ-পৃষ্ঠস্থ পানির যথাযথ ব্যবহার এবং সংরক্ষণ, দেশের প্রতিটি ইউনিয়নে পাইপ ওয়াটার সাপ্লাই সিস্টেম স্থাপন। স্বাস্থ্য সম্মত উন্নত মানের ল্যাট্রিনের কভারেজ বৃদ্ধি করণ এবং নিরাপদ সুপেয় পানি সরবরাহের কভারেজ শত ভাগে উন্নিত করণ।
পল্লী এলাকায় ইউনিয়ন পরিষদের সহায়তায় পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন কার্যক্রম গ্রহণ ও বাস্তবায়ন ।
শহর অঞ্চলে পৌরসভায় সহায়তায় পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন ব্যবস্থার অবকাঠামো নির্মাণ, উন্নয়ন, সম্প্রসারন ও কারিগারি সহায়তা প্রদান মাগুরা জেলায়।
আর্সেনিক আক্রান্ত ও অন্যান্য সমস্যাসংকুল এলাকায় নতুন লাগসই প্রযুক্তি উদ্ভাবনের মাধ্যমে নিরাপদ পানি সরবরাহের ব্যবস্থা গ্রহণ।
ভূ-গর্ভস্থ ও ভূ-পৃষ্ঠস্থ নিরাপদ পানির উৎস অনুসন্ধান।
পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন ব্যবস্থার পরিচালনা ও রক্ষনাবেক্ষনে দক্ষতা উন্নয়নের লক্ষ্যে স্থানীয় সরকার প্রতিষ্ঠান সমূহকে (ইউনিয়ন পরিষদ ও পৌরসভা) কারিগরি সহায়তা প্রদান।
আপতকালীন (বন্যা, ঘূর্ণিঝড় ইত্যাদি) সময়ে জরুরীভিত্তিতে পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন সুবিধার ব্যবস্থা করা।
স্থানীয় সরকার, বেসরকারি উদ্দ্যেক্তা, বেসরকারি সংস্থা এবং Community Based Organization (CBO) সমূহকে পানি সরবরাহ ও স্যানিটেশন ব্যবস্থা উন্নয়নে কারিগারি পরামর্শ প্রদান, তথ্য সরবরাহ, প্রশিক্ষণ প্রদান ও
নিরাপদ খাবার পানি নিশ্চিত করার জন্য প্রয়োজনীয় প্রতিরোধমূলক কার্যক্রম গ্রহণ এবং পর্যায়ক্রমে খুলনা জেলার সকল এলাকায় পানি সরবরাহ ব্যবস্থার ওয়াটার সেফটি প্লান (WSP)বাস্তবায়ন।